A mistura do substrato pode ser feita mecanicamente, hidraulicamente (mediante bombas) ou pneumaticamente (soprando o biogás produzido para a base dos digestores). Os dispositivos mecânicos são os mais conhecidos e econômicos e se diferenciam substancialmente pelo regime de rotação e pela conformação das turbinas.
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No geral, os misturadores que giram rapidamente (1.000-1.500 rotações/min) são movidos por motores elétricos trifásicos de tipo submerso e possuem hélices, de poliamida de angulação regulável, ou pás a “banana” autolimpantes de agitação vertical (indicadas para digestores com sótão de cobertura e contendo fibras longas), ou ainda de aço. Contrariamente, se a rotação é lenta (2-6 rotações/min), são instaladas pás de grande dimensão (1-2, 5 m), acionadas por um motor externo ao digestor de alta potência (10-20 kW). Em um eixo central horizontal, estão fixados perpendicularmente ou obliquamente os braços ou as próprias pás. Dado que em parte da sua rotação as pás não estão submersas, é realizada uma eficaz ruptura da eventual crosta superficial, beneficiando, desse modo, a potência da mistura nas centrais com biomassas de alto teor de s.s. e de codigestão. Na verdade, a formação de crosta é um inconveniente que deve ser evitado, já que prende o metano no substrato, dificultando a transferência para a cúpula gasométrica, e, sobretudo, deprime a atividade dos micro- -organismos que suportam a digestão.
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