A dessulfuração. A maioria dos fabricantes de motores recomenda um abastecimento de biogás com concentração de H2S inferior a 90 ppm. Quantidades limitadas de hidrogênio sulfurado também podem provocar a rápida corrosão das partes metálicas internas do motor, uma rápida deterioração do óleo de lubrificação e, no limite, a colagem dos anéis de vedação dos pistões. Além disso, durante a combustão o H2S pode haver emissões prejudiciais de dióxido de enxofre. Dado que o biogás “bruto” geralmente contém entre 150 e 3.000 ppm de hidrogênio sulfurado, é necessária uma ação de depuração, efetuada com processos a úmido ou a seco. No primeiro caso, adota-se a chamada torre de lavagem (o scrubber – veja box), instalada antes da desumidificação, que age graças a reagentes químicos e a um solvente líquido, misturados em um fluido gasoso. No entanto, o método mais simples para eliminar o H2S é a lavagem com água, justamente explorando a sua alta solubilidade em tais condições. Quando, entretanto, se adiciona NaOH à solução, a depuração é ainda mais eficiente.
Embora com a vantagem da simplicidade, o custo dos reativos e do tratamento da água de lavagem reduz a conveniência do tratamento a úmido. Ao contrário, a dessulfuração a seco consiste em fazer o biogás transitar através de uma substância absorvente, por exemplo, à base de óxidos de ferro ou de carvão ativo. Outra possibilidade prevê o uso de um filtro biológico, isto é, um substrato no qual reside uma bactéria (Tiobacillus) capaz de remover o H2S. Nesse caso, a eficiência de depuração depende de porosidade, temperatura, pH, umidade e concentração de H2S na fase gasosa. Para favorecer a atividade desses micro-organismos, é necessário bombear, em modestas quantidades, ar (oxigênio), na central. No caso da digestão de tipo anaeróbico (que ocorre na falta de oxigênio) a produção de metano é reduzida e há consumo parcial pelas bactérias que o exploram como fonte de carbono.